маршруты, где было два плеча, а сделали в итоге один совместный рейс
Я всегда был уверен "плечо" и "сегмент" это одно и то же. В обсуждаемом случае вы явно имеете в виду перевозчиков.
летают на самом деле то самолеты аэрофлота, то эир франса, и у них кодшеринг.
Да, у "Эр Франс" и "Аэрофлота" примерно равное число рейсов в неделю, и все они летают под кодами SU и AF. По-моему, это был первый кодшеринг в истории "Аэрофлота".
Линия во многом уникальная, там фактически дуополия. Конечно, до Парижа можно долететь и со стыковками, но многие пассажиры предпочитают прямые рейсы. Поэтому обычно стыковочные маршруты LH, LX, AY и так далее обходятся дешевле: авиакомпания как бы компенсирует пассажиру неудобство и лишнюю трату времени.
Кстати, это важный фактор ценообразования.
Альянс в данном случае позволяет AF и SU предложить широкий выбор рейсов по времени на популярной линии. Там, правда, есть нюансы: бизнес-класс "Аэрофлота" гораздо комфортабельней, чем у "Эр Франс", а тарифы одинаковые. Премиальные билеты (за мили) на кодшеринговые рейсы партнёрам доступны с ограничениями.
И я бы не сказал, что ситуация редкая. "Аэрофлот" точно также имеет или имел кодшеры с "Финнэйр", "Алиталией", "Лёт", "Остриэн", "Эйр Болтик", "Эстониан Эйр" и другими. У "Трансаэро" тоже был кодшер с "Остриэн".
На самом деле ваш вопрос насчёт изменения цен после вступления в альянс не совсем правильный: насколько я могу судить цены не меняются, зато у пассажиров появляется более широкий выбор, что (по идее) увеличивает пассажирооборот авиакомпании и её доходы.
Например, "Аэрофлот" ставит свои коды на рейсы внутри Франции, и получает возможность продавать стыковки с ними. Аналогично "Эр Франс" может продавать внутренние рейсы "Аэрофлота" под стыковки в Москве со своими рейсами. Конечно, партнёру, который физически выполняет рейс, что-то отдают за занятые кресла, но какой-то процент остаётся у маркетингового партнёра.