По итогам 2021 года Аэропорт ТОМСК обслужил 494 346 человек. Рост пассажиропотока по отношению к 2020 году составил 41,9%, но еще не достиг показателей докризисного периода.
Одной из причин этого стало начало активного этапа работ по реконструкции взлетно-посадочной полосы летом 2021 года. Аэропорт работал в режиме ограничений и количество рейсов было сокращено. Стоит отметить, что из-за мер, связанных с пандемией, международное направление тоже не было восстановлено в полном объеме. Несмотря на это, велась активная работа по привлечению авиакомпаний на рейсы, действующие на постоянной основе. Так, прямые рейсы из Томска в Санкт-Петербург выполнялись весь 2021 год, впервые за долгое время были открыты рейсы в Египет. Продолжалось развитие региональных направлений. Рейсы авиакомпании «Red Wings» из Екатеринбурга в Улан-Удэ и Тюмень через Томск были очень востребованы у жителей города.
В течение 2021 года из Аэропорта ТОМСК действовало 23 внутренних направления: Абакан, Анапа, Барнаул, Горно-Алтайск, Екатеринбург, Каргасок, Кедровый, Красноярск, Москва, Нижневартовск, Новосибирск, Новый-Уренгой, Пионерный, Санкт-Петербург, Симферополь, Сочи, Стрежевой, Сургут, Талакан, Тюмень, Улан-Удэ, Уфа, Ханты-Мансийск и 2 международных направления: Шарм-эль-Шейх и Хургада.
Количество пассажиров на внутренних воздушных линиях (с учетом транзита) составило 483 349 человек. На международном направлении пассажиропоток составил 10 997 человек.
Были открыты рейсы в Ханты-Мансийск, Нижневартовск, Горно-Алтайск, Улан-Удэ, Уфу и прямые рейсы в Египет.
В 2021 году была произведена 3 371 взлетно-посадочная операция. Общий объем грузоперевозок составил 1 868 тонн.
