Вообще, не касаясь Ту-134, есть три вещи: обозначение самолета, конструкция самолета (в смысле устройство - конструкция планера, тип двигателей, состав вооружения и оборудования и т. д.) и конкретно построенные экземпляры самолета.
Единственное, что можно утверждать, это то, что у каждого экземпляра самолета есть какая-то конструкция. Все остальное может существовать практически в любых вариантах: один экземпляр в течение службы может иметь несколько конструкций и несколько обозначений, одно обозначение может присваиваться разным конструкциям и т.д. Может быть конструкция без построенных экземпляров (проект) и без обозначения, может быть обозначение, которому не соответствует ни одна конструкция, может быть экземпляр без обозначения.
Поэтому попытка описать соответствие в тройке обозначение-конструкция-экземпляр простым способом заранее обречена на неудачу.
Что касается Ту-134, то получается, что есть несколько различных конструкций, не имеющих специального обозначения. Наличие синек говорит, что конструкция с задней дверью внутри фирмы обозначалась как Ту-134АК. При этом все экземпляры самолета имеют обозначение Ту-134А.
Хотя ничто не мешает некоторому кругу людей договориться вместо слов "Ту-134А с задней дверью" говорить просто: "Ту-134АК", понимая, что это сделано только для удобства общения.
Насчет того, как лучше обозначать в литературе, главное - чтобы не возникало путаницы, что обозначается - сам самолет или его конструкция.