Менялась, и очень сильно. Во-первых, она у разных заводах была разная. У Горьковского почти с самого начала была: тип-21-номерсерии-номервсерии. Но с введением пятизначных номеров 21 стал уходить. Где-то с типа 94. Соответственно, СМ, СМТ, и бисы, а также МиГ-25 имели уже другую структуру номера. Значение "0" не очень понятно, но, похоже, для того, чтобы отличать заводской (формулярный) номер, где номер серии зашифрован, от внутреннего, включающего номер серии и номер в серии.структура заводского номера приведена выше. никаких резких изменений не встречал.
У 30 завода была другая система. Там не было обозначения завода, только тип, серия и номер в серии. Например, МиГ-21Ф-13 740305. А нолик стал появляться у "зашифрованных". Например, номер МТ - 964015, и номер МФ - 96001091.
У тбилисского 31 завода были другие номера: номервсерии-тип-51-номерсерии. Потом с пятизначным номерами стало 51-тип-пятизначныйномер.
Вообще в СССР единой системы для заводских номеров не было.