Пожалуй, дело в том, что в каких-то аспектах "завести стыковку" - это всё равно что открыть дополнительный маршрут (например, с точки зрения управления тарифами). Поскольку возможных вариантов стыковок очень много, то наши коммерсанты всё подряд не заводят, а говорят: "Скажите, какие стыковки наиболее востребованы, и мы заведём для них тарифы". Ну и для сайта, видимо, та же логика атуальна.
А в аэропорту ваш скрытый трансфер должны распознать на регистрации, так что и багаж оформят до конечной точки, и посадочные выпишут как надо.
Как-то так дело обстоит, насколько я в этом смыслю.