В течение всего периода начальной эксплуатации специалисты АТК ГСС совместно с техническим персоналом Аэрофлота проводят обслуживание самолета в аэропорту Шереметьево на основании "Руководства по взаимодействию между Аэрофлотом и ГСС". Проводятся еженедельные совещания представителей ГСС и Аэрофлота по вопросам эксплуатации ВС. Также регулярно проводятся встречи с Летной службой авиакомпании по работе экипажа в процессе производства полетов, в ходе которых затрагиваются аспекты эргономики кабины и рассматриваются замечания летного состава к летной документации. Эксплуатация ВС ведется в полном соответствии с действующей ЭТД.
При возникновении неисправности технические службы авиакомпании проводят цикл проверок, определенных эксплуатационной документацией. Если комплекс выполненных действий не приносит желаемого результата или эксплуатационная документация не содержит соответствующих процедур, то на основании данных от эксплуатанта ГСС готовит Программу работ и направляет ее в адрес авиакомпании Информационным Письмом. Одновременно, группа специалистов ГСС направляется в Шереметьево для оказания помощи в осуществлении программы. Поддержку эксплуатации самолета SSJ100 Аэрофлота также оказывают специалисты SJI в Шереметьево.
К моменту ввода самолетов в эксплуатацию создана и действует современная инфраструктура по обеспечению заказчиков запасными частями и расходными материалами.
Центральный склад материально-технического обеспечения SJI распложен в аэропорту Франкфурта. Он управляется компанией Lufthansa Technik Logistik (LTL) и оборудован по последнему слову техники. Отгрузка любой запчасти осуществляется в течение 24 часов со времени поступления запроса заказчика.
Поддерживающий склад SJI расположен в московском аэропорту Шереметьево и обеспечивает потребности в запчастях российских заказчиков.
По соглашению между ГСС и Аэрофлотом базовый склад авиакомпании в Шереметьево был укомплектован запасными частями материалами согласно перечню, подготовленному и одобренному производителем самолета, поставщиками систем и оборудования и авиакомпанией, ко времени ввода самолета SSJ100 в эксплуатацию.