ОАО "Внуковские авиалинии" создано в ходе приватизации 23 марта 1993 года и зарегистрировано в Московской регистрационной палате 31 марта 1993 года. Размер уставного капитала ОАО "Внуковские авиалинии" составляет 289 352 рубля.
Общее количество акционеров ОАО "Внуковские авиалинии" — 10 577.
ОАО "Внуковские авиалинии" является учредителем и участником 11 юридических лиц с различными долями участия в уставном капитале. ОАО "Внуковские авиалинии" имеет в своем составе 10 филиалов и представительств в городах России и СНГ. По состоянию на 1 октября 2000 года финансовое положение ОАО "Внуковские авиалинии" было очень тяжелым из-за большой кредиторской задолженности и возбуждении в связи с этим исполнительного производства
В конце декабря 2000 года между авиакомпанией "Сибирь" и авиакомпанией "Внуковские авиалинии" было подписано Коммерческое соглашение. Его основными задачами были названы дальнейшее развитие авиационных перевозок, повышение эффективности коммерческой деятельности обеих авиакомпаний, повышение регулярности и безопасности полетов, а также улучшение качества обслуживания пассажиров.
Авиакомпания "Внуковские авиалинии" предоставила "Сибири" эксклюзивное право продажи перевозок по Соглашению о Генеральном агенте по продаже пассажирских и грузовых перевозок. В настоящее время "Сибирь" осуществляет продажу билетов на рейсы "Внуковских авиалиний" через собственную агентскую сеть с оформление перевозок на бланках "Сибири", а также через сеть агентов, аккредитованных при Транспортной клиринговой палате.
Начиная с 15 января 2001 года, авиакомпания "Внуковские авиалинии" возобновила полеты по зимнему расписанию из Москвы в Ереван, Сочи, Новый Уренгой и Улан-Удэ. В дальнейшем планируется расширить число городов, включенных в маршрутную сеть. Управление этими рейсами (изменение частоты выполнения, времени вылета/прилета, управление ресурсом мест и тарифами) осуществляется соответствующими службами "Сибири". Авиакомпания "Сибирь" также будет осуществлять текущее платежи за обеспечение рейсов и принимает на себя все коммерческие риски, связанные с выполнением полетов.
Кроме того, по договоренности с руководством авиакомпании "Внуковских авиалиний", "Сибирь" обеспечила финансирование выплаты ее персоналу текущей задолженности по зарплате.
21 мая. 2001г.— Авиакомпании "Сибирь" и "Внуковские авиалинии" получили разрешение на совместное использование самолетного парка обоих перевозчиков. Об этом говорится в распоряжении Министерства транспорта Российской Федерации от 18 мая 2001 года, подписанным первым заместителем Министра Александром Нерадько.
В распоряжении, в частности, отмечается: "В целях реализации Концепции развития гражданской авиационной деятельности Российской Федерации, одобренной Правительством РФ в части стимулирования процессов объединения авиакомпаний и принимая во внимание решение внеочередных собраний акционеров авиакомпаний о реорганизации Обществ путем присоединения ОАО "Внуковские авиалинии" к ОАО Авиакомпания "Сибирь", разрешить авиакомпаниям "Сибирь" и "Внуковские авиалинии" выполнение регулярных и чартерных полетов на условиях совместного использования условных обозначений эксплуатантов (кодов ИКАО и внутренних кодов)".
На практике совместное использование кодов эксплуатантов означает возможность использования самолетов авиакомпании "Сибирь" для выполнения рейсов, входящих в маршрутную сеть авиакомпании "Внуковские авиалиний" и наоборот.
"Совместное использование воздушных парков "Сибири" и "Внуковских авиалиний" — еще один практический шаг на пути интеграции двух крупнейших авиаперевозчиков России и создания мощной авиакомпании, обладающей уникальной маршрутной сетью", — отмечает председатель Совета директоров авиакомпании "Сибирь", руководитель Западно-Сибирского Окружного межрегионального территориального управления воздушного транспорта Минтранса России Владимир Тасун. Объединение самолетного парка авиакомпаний позволит обеспечить его более эффективную эксплуатацию, а также существенно расширить маршрутную сеть, прежде всего из "Внуково", за счет имеющегося у "Сибири" резерва воздушных судов. В настоящее время в этом аэропорту ежедневно находится до 8 самолетов, выполняющих регулярные рейсы в столицу из городов Сибири. До выхода упомянутого Распоряжения ГСГА эти воздушные суда были вынуждены простаивать в Москве между прилетом и вылетом в течение всего дня.