Статус межгосударственного почему-то не мешает МАКу расследовать АП с российскими воздушными судами.
Почему именно эту катастрофу (вопреки практике ИКАО, членом которой РФ состоит) отнесли, как вы выразились, "к внутренним делам России" - можно только гадать.
И результаты этих гаданий непременно будут "с душком".
Статус, как вы правильно подметили: "не мешает". Но, не обязывает. То есть соответствующее государство дает ему "добро", как компетентной лицензированной организации. Или не дает.
И, пожалуйста, не надо идеализировать отношения Договаривающихся государств с самой организацией, в которую они вступили добровольно, но вынужденно, чтобы не оказаться "запертыми" в своем суверенном воздушном пространстве. Довелось несколько лет участвовать в рабочей группе ИКАО. Проблемы разной степени сложности встречались у многих "добровольцев", несмотря на рекомендации Совета "придерживаться в качестве процедуры Стандартов и Рекомендуемой практики"(с), что было задумано при создании организации, как упрощающий фактор при осуществлении международных полетов гражданской авиации, призванный повысить безопасность полетов.