Напишу в пределах своих знаний.
Закладывание ушей и ушная боль по большей части результат действия двух факторов: проблемы с ушами и проблемы с изменением высоты в салоне самолета.
Первая проблема может возникнуть из-за болезней уха (например - отит), или из-за насморка, который перекрывает евстахиеву трубу и препятствует выравниванию давления внутри ушной полости. Насморк в свою очередь может быть связан с воспалением слизистой оболочки носа, с гайморитом и с аллергией. Если первые два случая относительно продолжительны по времени, то аллергическая реакция может быть очень кратковременной.
Современные самолеты имеют как правило автоматическую регулировку давления внутри кабины. И согласно норм конструкторы стараются отрегулировать систему так, чтобы вертикальная скорость внутри салона не превышала 500 фт/мин или 2-3 м/сек. Однако это не всегда удается сделать. Полный цикл клапана регулятора давления на разных самолетах занимает (насколько мне позволяет память) от 15 до 35 сек. А это означает, что при резких изменениях режима двигателя (а следовательно резкого изменения давления на входе в систему регулирования давления САРД) клапан не успевает быстро "отработать" заданную команду. Конструкторы вводят различные ухищрения в конструкцию САРД, чтобы уменьшить влияние изменений режима двигателя: например понижают высоту в кабине перед взлетом на 50-100 м, ставят демпферы давления, переключают отбор воздуха с разных ступеней компрессора в зависимости от режима полета. Также проблемой может стать резкое изменение вертикальной скорости самолета, которое может быть как по указанию диспетчера, так и при резком изменении температуры воздуха за бортом самолета. Так при резкой инверсии (повышении температуры воздуха с высотой) тяга двигателя резко падает и вертикальная скорость соответственно резко уменьшается. А при резком похолодании тяга двигателя резко увеличивается, что приводит с быстрому росту вертикальной скорости. Так например пару месяцев назад при наборе высоты на эшелоне примерно 320 на полупустом самолете при резком падении температуры с -52 до -66 С вертикальна скорость набора превысила 4000 фт/мин (такая вертикальная на таких эшелонах бывает крайне редко) на несколько десятков секунд и вертикальная скорость в кабине скакнула в район 1000-1200 фт/мин.