TURIST ZORG, правила лётной эксплуатации, и, соответственно, действия лётного экипажа одинаковы - что для регулярки, что для чартеров. Отличия - в том, что чартерный рейс это (как правило) "разовое мероприятие", заказываемое кем-либо (обычно - турфирмами, но никто не запрещает простому гражданину заказать чартер для себя, любимого, просто это чуть дороже). На пальцах - ну это как заказной автобус. Поэтому заявка на полёт оформляется немного по-другому, но это уже тонкости. Отличается обслуживание пассажиров - кабинный экипаж, соблюдая все установленные правила по безопасности, тем не менее при обслуживании пассажиров делает то, за что заплатил заказчик. Не обязательно в худшую сторону - если заказчик оплатил по ведру красной икры на пассажира - его, ведро это, пассажиру и вручат. Опять же, это будет чуть дороже, только и всего. Сам полёт, подготовка к нему и прочее отличаются мало. К чартерному рейсу пилоты готовятся, пожалуй, тщательнее, чем к регулярному, т.к. полёт по "разовому" маршруту сложнее, чем по неоднократно лётанному.
Тонкие тонкости Вам как пассажиру вряд ли нужны, главное же в том, что соблюдение безопасности полётов абсолютно одинаковое, т.к. авиакомпании всё равно, за какие (чартерные или регулярочные) нарушения ей приостановят Сертификат эксплуатанта.
Задержки, более свойственные чартерным рейсам, я не берусь комментировать, может быть кто-нибудь добавит.