Это не недостаток, а особенность, заданная заказчиком. В одних условиях - недостаток, в других - преимущество.
Делать 2-членные машины мы умеем. Не вижу сложности применить эти умения к Илу.
Зачем? Вам просто название так нравится?
Давайте пойдем по порядку:
1. Четыре двигателя меняем на два.
2. Из-за изменения распределения нагрузок на крыло дорабатываем силовой набор крыла.
3. Из-за доработки силового набора и пилонов дорабатываем топливную систему.
4. Перекладываем все трубы и электропроводку в крыле из-за пп. 1-3.
5. У нас стало на 2 генератора меньше - дорабатываем СЭС.
6. У нас стало на 2 гидронасоса меньше - дорабатываем гидросистему.
7. У нас на 2 источника воздуха стало меньше - дорабатываем ПОС и КСКВ.
8. Мы выгнали бортинженера - дорабатываем ВСЕ самолетные системы под автоматические режимы работы и регулирования.
9. Осталось только 2 пилота в кабине - новый комплекс БРЭО.
10. Два двигателя - привет ETOPS. Дорабатываем все необходимое.
И это я не рассматриваю возможную необходимость доработки оперения и "желательное" облегчение конструкции. Спрашивается, что осталось от Ил-96? Фюзеляж? Ценное приобретение. Но и здесь очень желательно провести ряд предварительных консультаций с потенциальными заказчиками для корректировки размерности.
Вот и получился новый самолет. Вам просто очень хочется чтобы он назывался Ил-96 и это создавало у вас чувство приемственности поколений? В общем, проблемы нет, но это называется профанация.