Рейс AS 261 вылетел из Пуэрто-Вальярта в 14:30 PST и вскоре занял эшелон FL310 (31000 футов).
В 16:10, находясь в районе Лос-Анджелеса, пилоты сообщили диспетчеру о неполадках, связанных со горизонтальным хвостовым стабилизатором. Ни диспетчер, ни экипаж не могли понять причину отказа. В 16:17, находясь над океаном, самолёт резко вошел в пике, снизившись с 31000 футов до 23000-24000 футов.
Пилотам удалось выровнять воздушное судно, после чего они приняли решение идти на вынужденную посадку в
аэропорту Лос-Анджелеса. На снижении самолёт второй раз вошёл в пике. Пилоты попытались исправить положение, выполнив «полубочку» (перевернув самолёт шасси вверх). Однако авиалайнер продолжил пикировать в перевёрнутом положении и, не выходя из пике, врезался в воду около острова Анакапа у берегов Калифорнии. Все 88 человек на его борту погибли.
Расследование пришло к выводу, что причиной авиакатастрофы стало недостаточное количество смазки в винтовой паре механизма, изменяющего угол установки стабилизатора. Последняя замена смазки перед катастрофой производилась в сентябре 1999 года. Недостаточное количество смазки, нанесённой на винт, привело к его износу, поломке и, как следствие, к уводу стабилизатора и потере управления.
Расследование также выяснило, что авиакомпания Alaska Airlines увеличила интервал между плановыми осмотрами своих авиалайнеров. Это существенно повысило вероятность того, что факт износа деталей останется незамеченным.