Погугли на предмет "Мantis" - это bug-tracking система, но может, удастся применить и для ваших задач. Написана на php, можно модернизировать, если есть штатные программисты. Ну и понадобится выделенная машина с поднятым веб-сервером, поскольку вся работа с программой идет через веб-браузер. Еще вариант проще с т.з. функционала, но и легче - google docs.